Le programme de numérisation 1998 du service régional de l'Inventaire Général de Franche-Comté concerne trois secteurs géographiques et un édifice majeur du Haut Jura (la cathédrale de Saint-Claude), soit 1655 phototypes.Le programme de numérisation 2003 vise à numériser l’intégralité des photographies les concernant, en traitant donc celles écartées en 1998.Le troisième secteur géographique est un milieu rural : la partie rurale du canton de Saint-Claude (Jura), étudiée sous l'appellation de Saint-Claude périphérie (la ville de Saint-Claude le sera sous le nom de Saint-Claude centre et faubourgs). Il sera à terme illustré par 1900 images numériques, dont 1512 réalisées dans le cadre du plan 2003.

Plans par masses de culture et plans napoléoniens du cadastre des communes du Jura, soit 6750 plans environ, projet entamé en 2006

Enregistrements des émissions de la télévision locale (versement du service communication) de 1996 à 1999. Les années 2000 à 2003 feront l'objet d'une tranche ultérieure.

Dans le cadre de l'appel à projets 2000, le service régional de l'Inventaire général de Franche-Comté prévoit la numérisation des images réalisées sur deux villes et sur un thème d'étude.Préfecture du Jura, la ville de Lons-le-Saunier a été étudiée dans la décennie 1980 et a fait l'objet d'un livre, publié dans la collection des Images du Patrimoine. Elle est illustrée par 1305 photographies. Toutes vont être numérisées, dans la perspective de la numérisation de l'ensemble du fonds iconographique du service (plus de 54 000 clichés).

La collection Chifflet rassemble des manuscrits sur papier des XVIe, XVIIe et XVIIIe siècles reliés en volumes au XVIIIe siècle. Ce sont des études et des documents originaux sur l'histoire de la Franche-Comté, rassemblés en particulier par Jean-Jacques Chifflet (1588-1660), qui publie en 1618 Vesontio, le premier livre sur l'histoire de Besançon, et sur Jules Chifflet, son fils, qui publie des Mémoires et inédits pour servir à l'histoire de la Franche-Comté.

Il s'agit de l'armorial comtois, côté 1 J 1592, acquis en janvier 2012.

Dans le cadre de l'appel à projets 2000, le service régional de l'Inventaire général de Franche-Comté prévoit la numérisation des images réalisées sur deux villes et sur un thème d'étude.Lancé en Franche-Comté en 1988, le Repérage du Patrimoine industriel a donné lieu à la publication de deux ouvrages dans la collection des Images du Patrimoine (Forges de Syam (Jura) et Marbres et marbreries du Jura) et d'un guide dans la collection des Indicateurs du Patrimoine, chacun également décliné sous forme de publication électronique (Itinéraire du Patrimoine et Visite guidée des bases).L'ensemble des 2066 diapositives réalisées lors de cette étude thématique va être numérisé, dans la perspective de la numérisation de l'intégralité du fonds iconographique du service (plus de 54 000 clichés).

La collection est constituée d'objets mis au jour sur les sites archéologiques de Chalain et Clairvaux. Ces deux sites sont emblématiques du Néolithique (fin IVe - début IIe millénaire av J.-C.).La plupart des objets de cette collection sont des objets fragiles (en bois et bois de cerf, textiles, sparteries, ...) tels que des ustensiles dédiés à la préparation du repas ou des outils de chasse et de pêche.

Documents scellés du fonds de l'abbaye de Saint-Claude (cotés 2 Hps), le fond contient des documents et des sceaux.

Papiers divers de l'historien Auguste Castan (1844-1892), conservateur de la Bibliothèque municipale de Besançon de 1866 à 1892 : correspondance, notes et relevés de fouilles archéologiques à Besançon concernant les monuments de la ville romaine et d'autres fouilles en Franche-Comté (dans le Doubs à Mandeure et Alaise alors identifié comme Alésia par Castan).

La numérisation du fonds Granvelle porte sur des papiers d'État et de la correspondance de Nicolas Perrenot de Granvelle (1486-1550), ministre principal de Charles-Quint et de son fils le cardinal Antoine Perrenot de Granvelle (1517-1586), ministre de Charles Quint puis de Philippe II.Les documents rassemblés par les Granvelle constituent un ensemble unique de correspondance et de papiers politiques indispensables à la connaissance de l'Europe du XVIe siècle, notamment pour les chercheurs travaillant sur le Siècle d'Or de l'Espagne, les mondes ibériques, les Pays-Bas ou le Concile de Trente.La bibliothèque des Granvelle, comprenant des manuscrits et imprimés des XIIIe-XVIe siècle, sera numérisée par la suite.

Numérisation des plaques de verre d'une dizaine de fonds conservés aux archives départementales de l'Ain. Ces plaques de verre couvrent la période 1890-1950. Elles sont de nature et de dimensions diverses : négatifs, positifs, plaques de verre stéréo, autochromes. L'iconographie est elle aussi variée : paysages, monuments, événements historiques ou de la vie sociale, familles, portraits. Elle intéresse essentiellement l'Ain mais aussi d'autres régions limitrophes ou plus lointaines, notamment le Tchad.Les derniers fonds sont numérisés en 2012, dont l’exceptionnel fonds Bernard, d’une lignée de photographes belleysans.

Le programme de numérisation 1998 du service régional de l'Inventaire Général de Franche-Comté concerne trois secteurs géographiques et un édifice majeur du Haut Jura (la cathédrale de Saint-Claude), soit 1655 phototypes.Le quatrième volet concerne la cathédrale de Saint-Claude (Jura), dont la notice architecture et les notices objets deviendront définitives lors de l'étude de la ville de Saint-Claude. Cet édifice est illustré par 795 images, représentant la totalité de la couverture photographique (choix retenu en fonction de l'importance intrinsèque de l'édifice et des objets qu'il renferme).

Le fonds photographique Martelet-Voidey a été constitué par Léon Martelet, photographe amateur puis professionnel à Nozeroy (Jura) entre 1900 et 1959. Il est composé de 17 576 plaques de verre de formats divers (13 x 8, 9 x 13 et 15 x 40) et d'une vingtaine de tirages papier noir et blanc.Il témoigne des événements marquants du canton de Nozeroy et des cérémonies importantes de la vie quotidienne de ses habitants (baptêmes, noces, décès, etc.).Ce fonds est principalement constitué de photographies d'identité individuelles ou familiales.Il appartient à la mairie de Nozeroy, qui l'a déposé aux Archives départementales du Jura en 1999 (sous-série 39 Fi).

Cette première partie de la collection comporte 531 cartes postales. Elles représentent pour une moitié des vues de Pontarlier et pour l’autre moitié des vues de Franche-Comté. Ces cartes ont été numérisées en recto-verso. Elles datent de la première moitié du XXe siècle.

Les collections de la Grande Saline de Salins-les-Bains sont composés d'un total de 563 objets. Il s'agit de collections venant de l'ancienne saline, comprenant du mobilier (poêle, ancien four...) mais aussi des outils utilisés pour l'extraction du sel (râbles, tombereaux...), des documents publicitaires et administratifs. L'inventaire compte également des objets liés au commerce, aux usages domestiques et médicaux du sel, notamment thermal, et à l'histoire de Salins-les-Bains.

Le fonds comprend :- 93 Dessins de retables, autels et ornements divers pour des églises comtoises (1750-1850)- 49 pl. Description topographique des Salines de Salins. – Salins, 1756- 9 pl. Recueil de cartes manuscrites relatif à la jonction du Rhône au Rhin.- circa 1777- 299 pl. Recueil de fleurs peintes. – Strasbourg, 1788

Le fonds est composé de 490 estampes du XVIIIe-XIXe, comportant des paysages, monuments et portraits dolois et/ou jurassiens.Il comprend aussi 465 cartes postales de 1900 dont 94 des Archives municipales de Dole.

Le programme de numérisation 1998 du service régional de l'Inventaire Général de Franche-Comté concerne trois secteurs géographiques et un édifice majeur du Haut Jura (la cathédrale de Saint-Claude), soit 1655 phototypes.Le programme de numérisation 2003 vise à numériser l’intégralité des photographies les concernant, en traitant donc celles écartées en 1998.Le deuxième secteur géographique est un milieu rural : le canton des Bouchoux, étudié en partenariat avec le Parc naturel régional du Haut-Jura. Il sera à terme illustré par 953 images numériques, dont 703 réalisées dans le cadre du plan 2003.