Η συλλογή περιλαμβάνει 1400 ψηφιοποιημένα δείγματα από τα είκοσι χιλιάδες δείγματα Μαλακίων που έχουν συμπεριληφθεί στη βάση δεδομένων του Μουσείου. Περιλαμβάνουν κυρίως όστρακα από όλο τον κόσμο,καθώς και πολλά είδη από την ελληνική θάλασσα. Τα δείγματα συλλέχθηκαν κυρίως κατά τις δεκαετίες του ΄70 και ΄80 και ορισμένα παλιότερα όπως τα είδη της συλλογής Μοάτσου.

Η συλλογή αποτελείται περιλαμβάνει περισσότερα από 5.000 αντικείμενα. Πρόκειται για χειρόγραφους βυζαντινούς και μεταβυζαντινούς κώδικες, παλαίτυπα, χαλκογραφίες, λιθογραφίες, ανθίβολα και σχέδια.

Η ψηφιακή συλλογή καρτ ποστάλ περιλαμβάνει 10.000 επιλεγμένες και ψηφιοποιημένες εικόνες, κυρίως τόπων της Ελλάδας, των Βαλκανίων, της Αιγύπτου και της Τουρκίας, καθώς επίσης τις σειρές των καρτ ποστάλ που εξέδωσαν στις αρχές του 20ου αι. οι εκδότες Πάλλης και Κοτζιάς, Ελληνική Ταχυδρομική Υπηρεσία και Ελευθερουδάκης. Ιδιαίτερες μικρές συλλογές, σπάνιες και ενδιαφέρουσες, είναι αυτές των Βαλκανικών πολέμων και της Art Nouveau. Η Αλεξάνδρεια, το Κάϊρο, το Πορτ Σάιδ και το Σουέζ αντιπροσωπεύουν πλούσια την Αίγυπτο και η Κωνσταντινούπολη την Τουρκία.

Η ψηφιακή συλλογή αντικατοπτρίζει ένα μέρος μόνο του Τμήματος των Φωτογραφικών Αρχείων του Μουσείου Μπενάκη που ιδρύθηκε το 1973 με στόχο τη συγκέντρωση, διαφύλαξη και ταξινόμηση φωτογραφιών που απεικονίζουν μνημεία και αντικείμενα παλαιοχριστιανικής, βυζαντινής και μεταβυζαντινής τέχνης. Με την πάροδο του χρόνου διευρύνθηκε η αρχική θεματογραφία, που σήμερα πλέον καλύπτει τη φυσιογνωμία και τον πολιτισμό του Ελλαδικού χώρου, καθώς επίσης την ιστορία και την κοινωνία του νεότερου Ελληνισμού. Οι συλλογές του τμήματος (300.000 αρνητικά και 25.000 πρωτότυπες φωτογραφίες του 19ου και του 20ου αιώνα) απαρτίζονται από σημαντικές φωτογραφικές ενότητες, προερχόμενες από αγορές ή δωρεές, των επαγγελματιών φωτογράφων Nelly’s, Βούλας Παπαϊωάννου, Περικλή Παπαχατζιδάκη, Δημήτρη Χαρισιάδη, Νικόλαου Ρίζου, Νικόλαου Τομπάζη και των ερασιτεχνών Ρένας Ανδρεάδη, Στέφανου Μαλικόπουλου, Λουκά Μπενάκη, Ιωάννη Χαραμή, καθώς και της βυζαντινολόγου Λασκαρίνας Μπούρα, της αρχιτέκτονος Μαρίας Ζαγορησίου και της συγγραφέως Έλλης Παπαδημητρίου. Η πρόσβαση και η χρήση του υλικού είναι ελεύθερη στους μελετητές, για την εξυπηρέτηση των οποίων 50.000 αντίγραφα φωτογραφιών έχουν ταξινομηθεί θεματικά και τοπογραφικά. Οι συλλογές πρόκειται σύντομα να αρχειοθετηθούν σε ηλεκτρονική μορφή.

Η Συλλογή Μικροτεχνίας του Μουσείου περιλαμβάνει περίπου 4.000 αντικείμενα. Πρόκειται για έργα κυρίως εκκλησιαστικά, αλλά και κοσμικά, χρηστικά ή πολυτελή. Είναι κατασκευασμένα από ποικίλα υλικά και με διάφορες τεχνικές και χρονολογούνται από τον 14ο έως και τον 19ο αιώνα.

Η συλλογή περιλαμβάνει 402 ψηφιακούς χάρτες που απεικονίζουν το χώρο της ΝΑ Ευρώπης κατά την αρχαιότητα, τη ρωμαϊκή-μεσαιωνική εποχή, την τουρκοκρατία, τον 20ό αιώνα. Το μεγαλύτερο μέρος τους απεικονίζει την Ελλάδα, Αλβανία, Σερβία, Τουρκία και Βουλγαρία.

Η Συλλογή Υφασμάτων του Μουσείου περιλαμβάνει περίπου 1.000 κοσμικά και κυρίως εκκλησιαστικά υφάσματα, που προέρχονται από τον ευρύτερο ελλαδικό, βαλκανικό και μικρασιατικό χώρο και χρονολογούνται από τον 5ο έως και τον 20ο αιώνα. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα κοπτικά υφάσματα, που προέρχονται από την Αίγυπτο και χρονολογούνται στον 5ο-8ο αιώνα.