Součástí sbírky jsou tyto podsbírky a fondy: archeologická, historická (mapy, knižní kultura, regionální historie, Marie Teinitzerová, Ema Destinnová, Marie Martínková, Jan Zeman), etnografická (národopis, zemědělství), numismatická (numismatika, faleristika), militária (militária, ostrostřelecké terče), výtvarné umění (plastika, obrazy, grafika-kresba), umělecké řemeslo (řemesla, hodiny, cín, keramika, sklo, porcelán, kamenné artefakty, nábytek, tiskařské štočky, šperky), knihy (tisky do roku 1900, jindřichohradecké tisky, jindřichohradecká nakladatelství), písemnosti a tisky (rukopisy, kramářské tisky, jiné tisky, hudebniny, pohlednice, svaté obrázky, regionální tisky), negativy a diapozitivy (skleněné desky), fotografie, technika.